截止9月1日，德意志研究联合会从全德65个高校共收到227个立项申请草案，其中98个研究生院项目、107个精英科研簇群以及22和大学未来计划。在递交的227个项目草案中，生命科学、自然科学、工程科学和人文社会科学这四大领域均得到了同等程度的体现。至此，德国联邦与州政府共同支持的第二阶段精英倡议活动正式拉开序幕。

2011年1月前德意志研究联合会和科学评议会将组织150多位大部分来自海外知名专家分别对研究生院项目、精英簇群以及大学未来计划进行预审，在此基础上，由德意志研究联合会和科学评议会共同组成的联委会将于2011年3月初选定进入复选的项目，他们得与第一阶段85个精英项目一起竞争第二阶段共计27.24亿欧元项目经费的支持，一个由学术界代表、联邦和州教育部长等组成的评选委员会将于2012年6月中旬宣布最终评选结果。

与第一轮精英倡议活动相比，下一轮对精英项目的支持将采取不同的经费额度。如研究生院项目的资助力度在100至250万欧元之间，精英簇群的资助范围是300至800万欧元。在评判精英大学时，将更关注与研究相关的教学情况。

第一阶段精英倡议活动于2006年和2007年分两轮进行，共有37个高校的85个精英项目获得了支持，其中有39个研究生院和37个精英簇群，9所高校以其卓越的未来计划被认定为精英大学。