长期以来，中方一直鼓励各高校开展国际间的校际交流。目前，中德双方500余所高校间（其中中方高校300余所，德方高校200余所）建立了比较实质性的校际交流关系。相当数量的中国高校科研人员在弗朗霍夫协、马克斯普朗克协会、洪堡基金会、德国科学基金会、克鲁伯基金会等德国科研机构和基金会的资助下，赴德开展合作研究或学习。
　　高教领域主要德国合作机构和项目如有：
　　1、与德国联邦教研部(BMBF)合作
　　中国教育部和德国联邦教研部在高教领域的合作有着长期合作的传统，开展有多个层次和领域的项目。双方共同支持建设同济大学中德学部，汇聚中德两国教育界和行业优质教育资源，培养高水平国际化人才。共同支持中国海洋大学与德国不来梅大学、基尔大学联合建立“中德海洋高层次人才培养和科学研究中心”，开展在海洋科学领域的合作科研。
2011年“首轮中德政府磋商”期间，两部建立了“中德高教战略合作伙伴关系”，约定开展4年内互派两万名学生和学者到对方国家学习和研修、共同支持中德高校示范合作项目、通过开展联合科研共同培养科研后备人才、共同建立“中德学术研究院”等多项实质合作。
　　2、与德意志学术交流中心（DAAD）合作
　　（1）中德短期学者交流项目
根据两国政府间文化交流计划，双方每年互换30名科研学者到对方国家进行短期科研合作。学者往返国际旅费由派遣方支付，在外研修费用由接受方负担。
　　（2）中德高教合作示范伙伴关系项目（未启动）
项目为两国教育与科学政策领域的重点合作项目提供灵活资助，中德双方每年为4个合作项目各提供最多25万欧元资助。
　　（3）派遣德籍教师。
　　目前，受德意志学术交流中心资助和派遣，共有26名德语语言教师在华工作。他们在我各高校德语专业教授德国语言文学课程，并协助我方编写相关专业教材。
　　3、与德国科学基金会（DFG）合作
　　根据中国教育部与德国科学基金会协议，双方联合支持两国高校和科研机构共同开发博士生学习和研究计划，培养博士生，进而支持各自高校在共同感兴趣的学科领域内开展合作，在该项目框架内，清华大学与汉堡大学，上海交通大学、复旦大学、开姆尼茨工业大学和柏林工业大学，中国农业大学与霍恩海姆大学，厦门大学和柏林洪堡大学分别以项目团队为基础开展合作。